בשנת 1996, שר הביטחון יצחק מרדכי והרמטכ"ל אמנון ליפקין-שחק מינו את יהודה לראשות אגף הנוער והנחל. "זאת אחת המשימות החשובות ביותר שעשיתי בחיים הלא-צבאיים. פעלתי בתחום החברה במדינה!" יהודה אמר בחיוך. כיום, אגף זה מכונה האגף החברתי, והוא כולל את הגדנ"ע (גדודי נוער עברי), ובאופן כללי, את כל הפעילויות הטרום צבאיות. אחת מהבעיות שיהודה שם לב אליהן בקרב הנוער של אותה התקופה, החיילים לעתיד של המדינה, הוא שזהו נוער ציוני הרבה פחות בהשוואה לנוער העבר, וזיהה בעיית מוטיבציה בנוער. הוא הפנה את הנח״ל מקיבוצים למשימות חברה וקהילה. יהודה הוסיף תחום חברתי לנח"ל, ובעיניו, השיא היה לראות את המורות ה"נחלאוויות" יושבות בבקרים בישובים, ומלמדות עברית את בני העדה הקווקזית ואחה"צ את הוריהם. "זאת ציונות אמתית בעיניי - קליטת עליה. אני ממש התרגשתי. הייתה ביקורת סביב מעשה זה, אך לא עניין אותי מה אמרו משום שאני החלטתי את זה מתוקף תפקידי. לממשלה ולכנסת לא הייתה יד בדבר. עזרה לשכבות החלשות והרצון להעלות את הרמה שלהם, היו שווים את הביקורת שהייתה מסביב."

 

נוסף לזה, יהודה הקים את המכינות הקדם-צבאיות החילוניות, ובהמשך תגבר, פיתח והקים מכינות נוספות, משום שראה את הפוטנציאל הרב הגלום במעשה זה. יהודה סיפר שהיו המון דילמות בתקופה שהקים את המכינות: מה מלמדים ילד שגמר שמינית? איזה ערכים? יהדות? אהבת ארץ ישראל? מה היחס ביניהם? מה מטרות המסלול? הם דנו בסוגיות שהעליתי קודם לכן: איך מתגברים על הפחד? מה מוליך את החייל מבחינה חינוכית וערכית? "זה היה פשוט אדיר." יחד עם יהודה, פעל הושע פרידמן מראשוני ראשי המכינות הצבאיות.  

 

.

"אני חושב שהמכינות קובעות את העתיד שלנו. לא רק בצבא, אלא גם בחיים האזרחיים." יהודה סיכם.